软件功能
1.数据库管理
选择数据库|经理命令打开数据库管理器”对话框
2.DNA和蛋白质数据库
dnaman 9该软件的数据库功能，允许用户组织DNA和蛋白质序列的不同科目
3.编辑记录信息
有关特定记录的信息可以编辑。在序列列表框中，所有记录按字母顺序或记录顺序列出。每个记录名字的数量显示记录的记录号ID.用DNAMAN自动分配。因此，您可以为不同的记录使用相同的名称
4.扫描序列的相似性
它扫描所有的序列记录在默认的数据库搜索当前序列的同源序列。如果默认数据库包含DNA序列，则默认序列必须是DNA序列。如果默认数据库包含蛋白质序列，则默认序列必须是蛋白质序列。DNAMAN将使用快速对准方法扫描数据库的序列相似性。您可以选择对结果的最终输出使用快速对齐或最佳对齐方式
5.错配分析
错配分析的目的是找到所有可能的退火位点的DNA序列的引物在默认。此功能可用于PCR和DNA测序的引物选择。权重矩阵用来区分引物位置的重要性。由于引物在3’末端对目标DNA的匹配比PCR扩增的5末端更重要，所以更多的权重被赋予3’末端。为了提高PCR引物的特异性，应始终检查引物与靶DNA之间是否存在次级退火位点
dnaman 9怎么用
1.安装完成后将破解补丁复制到安装目录下替换源文件即可，一般默认安装目录为：C:\Program Files (x86)\DNAMAN
2.破解完成
软件特色
1.DNA和蛋白质序列编辑
2.DNA序列转化
3.多序列比对，对齐编辑和分析
4.系统树分析
5.DNA或蛋白质序列的点阵比较
6.DNA序列组装和编辑
7.BLAST通过网络界面在Intranet / Internet Server上进行搜索
8.序列和数据库中的增强型图案搜索
9.SiRNA选择器
10.限制分析
11.绘制序列图与出版品质
12.限制模式预测
13.电子克隆
14.从限制片段重建限制图
15.静音突变分析创建/破坏限制性位点
16.导向不匹配以创建/破坏限制站点
17.翻译和密码子使用分析
18.蛋白质疏水性/亲水性分析
19.蛋白质表征：等电点的序列组成和预测
20.蛋白质二级结构预测
21.反向翻译
22.PCR和测序引物的设计
23.表征DNA或引物序列的热力学性质
24.分歧分析
25.管理寡核苷酸，DNA和蛋白质数据库
26.生成随机序列
dnaman 9使用教程
一、将待分析序列装入Channel
1.通过File|Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。（初始为 channel1）可以通过激活不同的channel(例如：channel5)来改变序列装入的Channel2.通过Sequence|Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。
dnaman 9可以通过Sequence|Current Sequence|Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数
二、以不同形式显示序列
1.通过Sequence|Display Sequence 命令打开对话框
2.根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式,可选择:
1)显示序列和成分
2)显示待分析序列的反向序列
3)显示待分析序列的反向互补序列
4)显示待分析序列的互补序列
5)显示待分析序列的双链序列
6)显示待分析序列的对应RNA序列
3.参数说明如下
Results 分析结果显示
其中包括：Show summary（显示概要） Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点）
Draw restriction map（显示限制性酶切图）Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图）
Ignore enzymes with more than（忽略大于某设定值的酶切位点）
Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定值的酶切位点）
Target DNA （目标DNA 特性）
circular（环型DNA），dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）all DNA in Sequence Channel（选择此项，在Sequence Channel 中的所有序列将被分析， 如果选择了Draw restriction pattern，那么当所有的channel 中共有两条DNA 时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA 时，则只能用一个酶分析。
三、dnaman 9序列同源性分析
1)两序列同源性分析
1.通过Sequence|Two Sequence Alignment 命令打开对话框
2.参数说明如下
Alignment method 比对方法，通常可选Quick(快速比对)或Smith&Waterman(最佳比对)，当选择快速比对时，设置较小的k-tuple 值，可以提高精确度，当序列较长时，一般要设置较大的k-tuple 值。（dna 序列：k-tuple 值可选范围2—6；蛋白质序列：k-tuple 值可选范围1—3
2)多序列同源性分析
1.通过打开Sequence|Multiple Sequence Alignment 命令打开对话框
2.参数说明如下
a.从文件中选择参加比对的序列
b.从文件夹中选择参加比对的序列
c.从channel 中选择参加比对的序列
d.从数据库中选择参加比对的序列
e.清除选择的序列（鼠标点击左边显示框中的序列名选择）
f.清除全部序列
